Odbourávání dusičnanů a dusitanů v akvaponickém filtračním systému probíhá ve dvou fázích. V první fázi jsou odpadní dusitany zpracovány nitrifikačními bakteriemi v biologické části čističky na dusičnany a následně spotřebovány v procesu fotosyntézy zelenými rostlinami. Tento princip je známý také pod pojmem kořenová čistička.